در میان پادشاهان ساسانی از زمان اردشیر بابکان و شاپور به بعد زمینه آشنایی ایرانیان با علوم مختلف بیشتر فراهم شد و در این دوره حتی کتاب های یونانی و پهلوی در کتابخانه ها یا آتشکده ها نگهداری می شده است.
در این دوره شهرهای بسیاری ساخته شد و یکی از این شهرهای مهم جندی شاپور یا گندی شاپور بود که در جنوب غربی ایران درخوزستان و نزدیک شوشتر واقع شده است که دراین شهر دانشگاهی نیز ساخته شد که می توان گفت در نوع خود از مهم ترین مراکز علمی و تحقیقی آن دوران بوده است.
این دانشگاه گرچه از زمان شاپور اول پایه ریزی شده بود، اما توسط انوشیروان گسترش یافت و تعداد زیادی دانشمند و پزشک در آن مشغول به تدریس، تحصیل و طبابت بودند.
در این مرکز علاوه بر کتب تالیف شده دانشمندان ایرانی بسیاری از کتاب های یونانی و هندی را به پهلوی ترجمه کرده و آنها را تعلیم می دادند.
به گفته مورخان در این دانشگاه همه گونه امکانات برای دانشمندان بدون توجه به عقاید و افکارشان فراهم بود، علمایی در طب، ریاضی، فلسفه، نجوم و فیزیک از نقاط مختلف به آنجا مهاجرت کردند.
سختگیری امپراتوری قرون وسطایی روم نسبت به برخی فرقه های مسیحی غیرکاتولیک مانند نسطوریان و یعقوبیان و همچنین مخالفت کلیسای کاتولیک با فلاسفه دارای افکار نو افلاطونی در قلمرو امپراتوری روم و تسامحی که در زمان شاپور دوم ساسانی و بعدها در زمان انوشیروان نسبت به عقاید دانشمندان رومی و هندی و چینی و یونانی به عمل آمد، موجب مهاجرت عده زیادی از آنها به شهر جندی شاپور در خوزستان شد و زمینه شکوفایی علمی این شهر و دانشگاه در جهان آن روز را فراهم آورد. وجود پزشکان زبردست در بیمارستان این شهر نیز موجب رونق آن شد.
پزشکانی که از قلمرو روم شرقی و یونان و همچنین از سوریه و مصر راهی این دیار شدند و مهارتی که برخی موبدان زرتشتی در پزشکی داشتند باعث شد تا این بیمارستان به اوج شهرت خود برسد.
به طوری که در منابع ذکر شده است فردی به نام حارث فرزند کلده از پزشکان تربیت شده این شهر بوده است که بعد ها پزشک ویژه پیامبر(ص) شد و نیز در دوران بعد از اسلام در زمان خلفای عباسی از خدمات پزشکی این بیمارستان استفاده می شده است.
انوشیروان حتی عده ای را به هندوستان فرستاد تا به فراگیری علوم بپردازند. طب یونان در مدرسه جندی شاپور رواج یافت.
فلسفه ارسطو و افلاطون در زمان انوشیروان به فارسی ترجمه شد. برزویه طبیب نیز در زمان انوشیروان به هند رفت و با تنی چند از دانشمندان و کتب هند به ایران بازگشت.
دانشگاه جندی شاپور در علم کیمیا (شیمی)، زیست شناسی و علوم پزشکی نقش مهمی داشته است. در این مرکز آموزش و گفت و گو به زبان سریانی بود.
از آنجا که زبان سریانی به زبان عربی نزدیک بود این امر خود باعث انتقال سریع و ساده تر علوم عهد باستان به دوره اسلامی شد.
پیوستگی بزرگ میان طب اسلامی و یونانی را باید در پزشکی اواخر دوره ساسانی، بویژه در مدرسه جندی شاپور جستجو کرد.
گفتنی است، هنگام ظهور اسلام جندی شاپور مهم ترین دوران خود را می گذرانید. جندی شاپور که مهم ترین مرکز پزشکی عصر به شمار می رفت، محیطی برای مرکز تجمع دانشمندان با ملیت های گوناگون بود. در این مدرسه دانشمندان سنت های پزشکی یونانی، هندی و ایرانی را با هم در آمیخته و زمینه را برای پزشکی اسلامی آماده می کردند.
افتخار ابداع روش درمان بیمارستانی را باید تا اندازه زیادی از آن ایرانیان دانست. بیمـــارستان های دوره اسلامی اغلب براساس نمونه ها و اصول بیمارستانی جندی شاپور ساخته شده بودند.
بیمارستان های معروف عضدالدوله در شیراز و بغداد، بیمارستان های متاخر دمشق و رفاهی براساس نمونه جندی شاپور بنا گردیده بودند.
نخستین فرآورده دارویی اسلامی نیز از این مرکز بزرگ پزشکی جهان بوده است. در این میان نقش دانشگاه جندی شاپور را در انتقال علم کیمیا نیز به هیچ وجه نمی توان نادیده گرفت.
جندی شاپور هنگام فتوحات اعراب مهم ترین مرکز پزشکی جهان بوده است. این دانشگاه تا قرن ها از مشهورترین دانشگاه های جهان بود.
در جندی شاپور علاوه بر دانشگاه، بیمارستانی نیز تاسیس شد. این شهر بعد از تصرف شوشتر به تسخیر اعراب مسلمان درآمد که دانشگاه آن تا قرن سوم هجری بر جای مانده بود.
جندی شاپور در قرون اول اسلامی پناهگاه معارف و علوم عقلی به شمار می آمد و در آنجا نه فقط معارف یونانی، بلکه علوم هندی نیز تدریس می شد.
پزشکان ترسایی که از جندی شاپور به بغداد می آمدند، گذشته از اشتغال به طبابت، کتاب های مهم طبی را نیز از یونانی یا سریانی به عربی ترجمه می کردند.
علوم پزشکی و زیست شناسی به وجود مدرسه جندی شاپور که در آنها سنت های طب بقراطی و جالینوسی حفظ می شد، وابستگی دارند و به دلیل این که در زمان خلافت عباسیان بسیاری از اطبا و دانشمندان به سوی مرکز خلافت و بیمارستان بغداد شتافتند، این مدرسه رفته رفته از بین رفت.
بعدها تمام مدرسه جندی شاپور به بغداد انتقال یافت که به این ترتیب طب اسلامی از آن زمان آغاز شد. در دوران خلافت عباسیان بزرگ ترین اطبای عالم اسلامی ایرانیان بوده اند. مامون، خلیفه مشهور عباسی نیز بیت الحکمه را در بغداد به تقلید از جندی شاپور ساخت.